Mila is a comprehensive platform for in silico PCR design. It retrieves and aligns all published sequences for the targets of interest, distinguishing sequencing errors from true variants and removing them. BLAST algorithms are used to select primers that effectively exclude potential off-target hybridizations while ensuring inclusivity. The remaining primer/probe sets undergo extensive thermodynamic modelling and AI-based optimization to select the set with the highest efficiency and lowest probability of undesirable interactions. This is accomplished in a computationally efficient manner, without testing every possibility. The algorithm considers a comprehensive range of variables, including the thermodynamics of nucleic acids, differences between fluorophores, melting and annealing temperatures, secondary structures, and the chemical properties of the reaction (pH, salt concentrations, other reagents, etc.)

Mila is een uitgebreid platform voor in-silico PCR-ontwerp. Het haalt alle gepubliceerde sequenties op en lijnt ze uit voor de gewenste targets, onderscheidt sequentiefouten van echte varianten en verwijdert deze. BLAST-algoritmen worden gebruikt om primers te selecteren die potentiële off-target hybridisaties effectief uitsluiten en tegelijkertijd inclusiviteit garanderen. De resterende primer/probe-sets ondergaan uitgebreide thermodynamische modellering en AI-gebaseerde optimalisatie om de set te selecteren met de hoogste efficiëntie en de laagste kans op ongewenste interacties. Dit gebeurt op een computationeel efficiënte manier, zonder elke mogelijkheid te testen. Het algoritme houdt rekening met een breed scala aan variabelen, waaronder de thermodynamica van nucleïnezuren, verschillen tussen fluoroforen, smelt- en annealingtemperaturen, secundaire structuren en de chemische eigenschappen van de reactie (pH, zoutconcentraties, andere reagentia, enz.).